Центр качества был создан при реорганизации Сибирского сертификационного центра и Отдела менеджмента качества приказом ректора № 5/од от 9 февраля 2010 года для объединения усилий в масштабах всего университета по дальнейшему развитию и улучшению системы менеджмента качества Томского политехнического университета.
Центр качества входит в состав Управления по науке и стратегическим проектам.