В ТПУ на регулярной основе проводятся внешние и внутренние аудиты.
Целью внутренних аудитов СМК является проверка соответствия СМК требованиям ИСО 9001, проверка выполнения запланированных целей и мероприятий, а также поиск областей деятельности для улучшения. Внутренние аудиты проводятся в соответствии с Регламентом по проведению внутреннего аудита системы менеджмента в Томском политехническом университете.
Внешние аудиты проводятся со стороны ассоциации по сертификации «Русский Регистр». Организацией и координацией внешних аудитов занимаются сотрудники Центра качества.